Dalam rangka melaksanakan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, Pemerintah Kabupaten Pegunungan Arfak telah melakukan penataan Organisasi Perangkat Daerah yang dijabarkan melalui Peraturan Bupati Pegunungan Arfak Nomor 03 Tahun 2017 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Fungsi Dan Tugas Serta Tata Kerja Pada Inspektorat Daerah maka Inspektorat Daerah Kabupaten Pegunungan Arfak mempunyai fungsi perencanaan program pengawasan, perumusan kebijakan dan fasilitasi pengawasan, pemeriksaan, pengusutan, pengujian dan penilaian tugas pengawasan, serta pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Bupati di bidang pengawasan Untuk menyelenggarakan fungsi tersebut Inspektorat mempunyai tugas : melaksanakan pengawasan terhadap pelaksanaan kelompok urusan pemerintahan; melaksanakan pengawasan terhadap pelaksanaan kelompok urusan perekonomian dan kesejahteraan rakyat; melaksanakan pengawasan terhadap pelaksanaan kelompok urusan bidang prasarana wilayah dan lingkungan hidup; dan melaksanakan kegiatan ketatausahaan.
Inspektorat merupakan unsur pengawas penyelenggaraan pemerintahan daerah dipimpin oleh seorang Inspektur yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupatu dan secara teknis administratif mendapat pembinaan dari Sekretaris Daerah. Sesuai dengan Peraturan Daerah Kabupaten Pegunungan Arfak Nomor 14 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah dan Peraturan Bupati Pegunungan Arfak Nomor 03 Tahun 2017 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Fungsi Dan Tugas Serta Tata Kerja Pada Inspektorat Daerah